Gintama là câu chuyện diễn ra ở Edo (được đổi tên thành Tokyo từ năm 1868), Nhật Bản, vào cuối thời Edo khi nơi này đang bị xâm lược bởi bọn người ngoài hành tinh được gọi chung là Amanto (天人 (あまんと) (Thiên Nhân), Amanto?). Các samurai Nhật Bản đã chiến đấu chống lại Amanto nhưng thất bại, và Amanto ra lệnh cấm mang gươm ở nơi công cộng. Cốt truyện tập trung vào một samurai lập dị tên là Sakata Gintoki (坂田 (さかた) 銀時 (ぎんとき), Sakata Gintoki?), người đã giúp chàng trai trẻ Shimura Shinpachi (志村 (しむら) 新八 (しんぱち), Shimura Shinpachi?) cứu chị gái cậu ta là Shimura Tae (志村 (しむら) 妙 (たえ), Shimura Tae? thường gọi là "Otae" - お妙) từ một nhóm người ngoài hành tinh muốn đưa cô vào kỹ viện. Bị ấn tượng bởi Gintoki, Shinpachi đã quyết định đi theo Gintoki để "học cách trở thành một samurai" và làm các công việc tự do cùng với anh ta để có thể trả tiền thuê nhà hàng tháng. Hai người bọn họ đã cứu một cô bé người ngoài hành tinh Yato tên là Kagura (神楽 (かぐら), Kagura?) khỏi một nhóm Yakuza, những kẻ muốn lợi dụng sức mạnh siêu phàm của cô bé để giết người. Kagura đã nhập nhóm cùng Shinpachi và Gintoki, lập nên Vạn Sự Ốc Gin-chan (万事屋 (よろずや)銀 (ぎん)ちゃん, Yorozuya Gin-chan?). Trong khi thực hiện những công việc được thuê, họ đã đụng độ lực lượng cảnh sát Shinsengumi vài lần. Shinsengumi và họ đôi khi liên kết với nhau khi phải chống lại những tên tội phạm đặc biệt nguy hiểm. Họ cũng đã gặp gỡ nhưng đồng bọn cũ của Gintoki trong cuộc chiến chống lại Amanto trước đây, bao gồm chuyên gia khủng bố Katsura Kotarou (桂 (かつら) 小太郎 (こたろう), Katsura Kotarou?) – người vẫn giữ mối quan hệ bạn bè với họ cho dù tham vọng của anh ta là lật đổ chế độ Mạc Phủ, hay Takasugi Shinsuke – người đóng vai trò đối kháng trong suốt câu chuyện, muốn lật đổ Mạc Phủ bằng những cách thức tàn ác hơn so với Katsura.

Mặc dù Gintama là một tập hợp những mẩu chuyện ngắn, nhưng vẫn có một vài câu chuyện được phát triển dần dần qua nhiều chương tiếp nối nhau.